6号染色体长臂近端缺失是一种罕见的染色体疾病,常表现为智力低下、发育迟缓和特殊面容等异常。回顾性分析1例多发畸形胎儿的遗传学病因。该病例于2022年12月13日(孕21+1周)因超声提示胎儿多发畸形、无创产前筛查(noninvasive prenatal testing,NIPT)提示胎儿6号染色体异常高风险而行羊膜腔穿刺术,进行常规G显带染色体核型分析和拷贝数变异测序(copy number variation sequencing,CNV-seq),同时对其父母的染色体核型进行检测。羊水常规G显带染色体核型分析示:46,XX,del(6)(q14q16);羊水CNV-seq结果示:6q14.1q16.3(80960000-104640000)区存在23.68 Mb的缺失。综合上述结果考虑该缺失是造成胎儿多发畸形的原因。CNV-seq有利于确定胎儿染色体异常的断裂点,为预测胎儿发生畸形的风险及后续的遗传咨询提供依据,同时丰富了6号染色体长臂近端缺失的产前临床表型谱。